BOINC được tạo ra ban đầu là để thay thế cho phần mềm quản lý của SETI@home.

Phần mềm máy trạm đầu tiên của SETI@home không chạy trên nền tảng BOINC và chỉ có thể được sử dụng cho SETI@home. Vì SETI@home là một trong những dự án tính toán phân tán đầu tiên nên nó không được thiết kế để có độ bảo mật cao. Một vài người tham gia chơi gian lận để giành được nhiều 'Credit', là thứ mà người tham gia nhận được khi tham gia dự án. Từ đó BOINC được thành lập để vá các lỗi đó.

Dự án BOINC được bắt đầu vào tháng 2 năm 2002 và phiên bản đầu tiên được ra mắt vào ngày 10/4/2002. Dự án đầu tiên dựa trên BOINC là Predictor@home vào ngày 9/6/2004. Vào năm 2009. AQUA@home là dự án đầu tiên có chương trình chạy trên nhiều nhân CPU và có chương trình chạy trên GPU đầu tiên vào năm 2010.